el wpdump.exe y el repack.exe sirven para desempaquetar y reempaquetar el data.wad del juego. Extraen los archivos que tiene dentro, eliminan o hacen "dummys" de los que no son necesarios, y los vuelven a meter en el data.wad.
Los archivos .at3 y .pmf son los dummys (de 0 bytes o pocos bytes de tamaño) que se copian sobre los archivos reales para darles tamaño menor, aunque el juego siga creyendo que están ahí.
Saludos!