Ok, ya he avanzado algo.
Por ahora ya tengo el DVD en un MKV sin comprimir, por lo que todabía ocupa más de lo que desearía. Para hacerlo he utilizado el MKVtoolnix que lo tengo desde hace mucho tiempo, pero desconocía que valía para crear el contenedor a partir de otros archivos diferentes.
Ahora me queda sacar los subtítulos del dvd para poder incorporarlos al mkv, y por otra parte quiero también quitarle un poco de tamaño volviendo a codificarlo.