¿De que CPU y de que dimensiones de vídeo de origen (duración, resolución y codecs) y vídeo de destino hablamos?
Lo mismo todas las plantillas que trae están a dos pasadas por defecto (eso duplica casi por dos el tiempo necesario, pero la ganancia de calidad y aprovechado del bitrate es mayor, poniendo mas o menos bitrate según la complejidad de la escena y no a todo por igual)
Pero vamos que si te dura 5 horas, es IMPOSIBLE que el otro lo haga en 15minutos, vamos es que ni de coña, da por hecho de que el otro ha metido una cagada y por eso no es reproducible el vídeo. Yo estoy en casi que si Mediacoder solo está a una pasada y el video te tarda 5 horas es porque esto tiene que tardar con el CPU que tengas. (si fuesen 2 pasadas, al ponerla en 1 pasada solo tardaría 2 horas 40 minutos aproximadamente, y aún así los 15minutos del otro es totalmente absurdo)