Tiene pinta de que algo roza algun ventilador o un ventilador esta cascao, puede que durante ese tiempo un ventilador roza con algo y al verse frenado se detiene por completo, en clase los ordenadores eran asi, si, meter el boli o lapiz por la ranura y para el ventilador a ver que pasa. xD
El caso es que esto es lo que lleva ventilador
Fuente de alimentacion
CAJA (depende de lo que le pusieras, 1, 2, 3, 4, 5 ,etc..)
CPU
Grafica ( 1, 2, 3 )
RAM (si, hay para ram)
HDD (Hay carcasas externas para HDD de 1 a 2 ventiladores)
Tambien podria ser uno de los HDD, que alguno de los cabezales se quedara bloqueado un tiempo. Para saberlo seria desmontar el PC entero y montarlo fuera de la caja, se puede hacer pero no es recomendado, asi puedes encender y como los componentes estaran todos separados seras capaz de saber de donde sale el sonido. Aunque si no vas a hacerlo lo suyo es desconectar un FAN y probar cada vez 1 x 1 hasta que deje de hacer el ruido, cuando pase sera ese el FAN jodido. A mi hermano le paso lo mismo y fue facil porque sabia de donde salia el sonido, fue uno de los FANS de la caja, el eje se salio unos milimetros de sitio lo que hacia que vibrara de forma excesiva y la vibracion producia el sonido que se amplificaba con la caja.
Espero que te sirva.