Por depronto se me ocurren dos formas, ambas con linux, asi de paso lo promociono un poco.
La primera con el comando dd, seria algo asi como dd if=/dev/hdx of=/def/hdy (Donde "x" seria la letra y la particion origen y "y" serian la particion destino)
La otra seria con cat, algo asi como "cat /dev/hdx > /dev/hdy" ( Donde "x" e "y" serian lo mismo de antes.
Bueno, para los linuxeros, esto no les sera demasiado dificil de entender, son comandos del shell que se deben ejecutar como root y saber que son "x" e "y" tampoco es nada del otro mundo.
Bueno, si interesase el tema, se puede hacer un manual mas completo, aunque creo que si ya teneis el linux instalado, ta tirao.