Hola
Para neomatrix:
no te hace falta un programa para ejecutar el msn messenger cuando tu kieras, ya que te vas a Herramientas -> Opciones -> Preferencias... y tienes una pestaña que pone "Ejecutar este programa al iniciarse Windows" y viene activado por defecto. Asi q si lo desactiva no se ejecutara hasta q tu lo ejecutes. Bueno, y para que no te inicie sesion cada vez q se encienda con no ponerle "recordar contraseña" tienes bastante, asi no te conectara automaticamente.
Para JAPosti:
si tienes Win XP lo puedes hacer en Propiedades de la Barra de Tareas -> Personalizar... y hay en Comportamiento del icono del msn le pones "Siempre Oculto". Con otro sistema ya no se como podrias hacerlo
Saludos!