Vale, a ver si te lo digo más claro porque volviéndome a leer me doy cuenta de que no te he respondido bien
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La cosa es que hay diferentes versiones de flash en las consolas, desde las de primera remesa, a las de colores, las de packs, etc.
Hasta la fecha hay 4 (5 contando con iQue DS) versiones del firm original de Nintendo. Para comprobar la tuya si tienes curiosidad puedes usar DSlinux como bien has dicho u otro método muy sencillo que se explica
aquí.
Por otra parte está el firm que porporciona FlashMe, del cual hay 6 versiones. Pues de esas versiones, de la 1 a la 4 dan problemas con los juegos NWC ya que estos guardan la configuración en una parte en la que está alojado este firm del FlashMe. Eso se corrigió en la versión 5 y actualmente con la 6 tampoco hay problemas.
Con lo que respondiendo a tu pregunta, sí, hay firms que no son buenos para jugar a los juegos con NWC, concretamente los que proporcionan el FlashMe de la versión 1 a la 4.
Saludos
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