Pues recuerdo que la historia eran realmente tres universos distintos que no tienen nada que ver.
Los Commander and Conquer eran una especie de terroristas anarquistas (NOD) contra las fuerzas aliadas. El primero es un clásico, el segundo era malo y el tercero es bastante bueno e introducía una nueva facción de aliens.
Red Alert va de que Einstein viaja al pasado, borra a Hitler y crea una nueva línea temporal. La historia sucede en un mundo actual donde Stalin ha conquistado medio mundo y la Unión Soviética se enfrenta a una alianza parecida a la OTAN. El primero es un clásico muy bueno, el dos era regulero y el tres está bastante bien e introduce un Japón imperial nacionalista pero actual y tecnificado, con mechas y cosas de estas.
La saga generals está basada en el mundo actual y hay tres facciones: aliados, chinos y terroristas árabes que se explotan. El primero es un gran juego. Luego salió otro que no he probado y creo que solo tenía online.
También hubo por ahí algún spinoff.