Yo los he jugado todos en Game cube y después en Wii:
El triology es, desde mi punto de vista, netamente superior a los de cubo solo por el control. Algunos dirán que el control es diferente y no mejor: me parece bien. Para mí, es, efectivamente, diferente y mucho (pero que mucho) mejor: más intuitivo e inmersivo.
En el caso Pikmin (tanto el 1 como el 2) vuelvo a notar una clara mejoría gracias al nuevo control. Comentarte que se pierde el stick derecho del mando de Gamecube para desplazar a los Pikmin: En esta versión Wii no hay sustitución para ello. Pero, y aunque en muchas ocasiones iba bien, creo que lo que se gana en precisión y comodidad es suficiente para decantarte por las versiones Wii.
El Resident Evil 4 ni lo dudes: El control de Wii es mucho más satisfactorio e inmersivo que el control con pad (siempre desde mi punto de vista, ya que otros usuarios me imagino que lo verán diferente pero no mejor) Cierto es que el puntero no desplaza la pantalla cuando llegamos al limite de la misma como es el caso de Metroid, The Conduit o Call of Duty (para ello movemos el stick del nunchako) pero en cuanto te habitúes disfrutaras mucho más el juego en su Wii Edition que en su versión original (y en tu caso, sin antecedentes de otros FPS en Wii, seguramente será el que más rápidamente controles y disfrutes)
El Donkey es un cambio de control tan extremo que hasta se ha variado la mecánica del juego. Son bastante diferentes y aquí dependerá tus gustos: Los bongos eran muy divertidos pero, a mí, me gusto más la versión Wii ya que lo veía más como un plataformas al uso. Ten en cuenta que en su versión Wii mueves al Donkey con el stick y en su versión Cube se desplazaba mediante toquecitos en los bongos: este es el cambio que más me agrado.
En definitiva, coincido en que la peor edición de new Play Control Wii es el Mario tennis; en este caso su versión Cube es bastante más precisa y satisfactoria.