A ver a ver. Cuesta exactamente lo mismo comprarlo a piezas que comprado entero, lo unico que puede variar son los 30 o 40€ que te puedan cobrar de mano de obra (en muchas tiendas si pillas el pc entero ni te cobran la mano de obra).
Esta claro que las configuraciones que ya tienen echas salen mas baratas porque pillan los componentes para que el PC salga lo mas barato posible (aunque tambien reduzcan calidad), pero si te lo pides por piezas y cojes las que traen los que ya tienen montados te saldra por lo mismo.
Tened en cuenta que el que no sabe de informatica si un AMD 3000mhz le sale por 600€ no es lo mismo que pagar por otro AMD 3000mhz 900€, las demas piezas no les llaman la atencion, pero la velocidad del procesador si. Si tu vas a una tienda y pides que te pongan una ATI 9800XT no te la van a cobrar como una gforce4 MX que lleve el que ya tienen montado
Por lo tanto no es que salga mas barato o mas caro sino que no estas pidiendo lo mismo.
Yo por lo unico que me lo cojo por piezas es porque me lo monto a mi gusto y le dejo los cables bien ordenaditos y tal, pero por el precio no es, ya que es el mismo, salvo los 30 o 40€ de montaje en las tiendas que te los cobren.