Es que, cada vez que instalas una nueva compilación, estás actualizando el sistema operativo entero. No es lo mismo que instalar una actualización de Windows Update o un Update Rollup de esos. Es algo mucho más serio que implica una repercusión mayor en el núcleo del sistema operativo.
Aunque uses la aplicación de Microsoft, lo que estás haciendo es una (des)actualización de la Insider en la que estés a la 10240, con el consiguiente lastre de basura, adaptación de configuraciones y fallos de compatibilidad. No es un cambio tan brusco como podría ser una actualización del 8.1 a 10 pero sí que hay un salto de escalones con el que hay lidiar con cuidado.