Uno de los fallos mas importantes de la NDS para mi gusto son esas cuestiones, para salir del juego desgraciadamente hay que apagarla y volverla a encender e incluso con algunos cartuchos antiguos tambien se usa el mismo metodo.
El medidor de bateria son los leds que tienes en la parte superior, cuando se enciende el color rojo significa que no te quedara mas de 1 hora de bateria aproximadamente.
Desconozco si existe algun programa que te lo indique en los juegos.