1.- Puedes poner el nombre que quieras a los backups, eso no afecta en nada, siempre y cuando lo hagas antes de pasarlos a la tarjeta (sd o cf, la que usen) con el game manager.
2.- Cuando meten el backup a la tarjeta, el game manager les crea un archivo .dat con el nombre del juego (de ahí que no deban cambiar nombres ni nada después de haber pasado el backup a la tarjeta), éste archivo .dat se encuentra en la carpeta NDSSAVE, ese es el archivo que guarda las partidas.
Y ya, no sé si les ayude a resolver su problema.
Saludos.