En principio con enchufar el SATA y tener los drivers de la controladora, no tienes que tener ningún problema.
Las nforce2, si no recuerdo mal, la controladora SATA por software que llevan utilizan el chip "Sil3112" ó algo así. El mismo que tengo yo en mi controladora PCI y que es básicamente el más extendidísimo. Confirma si tu placa lleva ese chip y entonces ya te aseguras de que no tendrás problema ninguno.
En win98 ó cualquier otro windows supongo que igualmente mientras tengas los drivers no habrá problema.
Sobre el funcionamiento... sinceramente... mejorar yo creo que no mejora excesivamente nada, pero tampoco es peor que un IDE de siempre. Quizá la mejora no sea excesiva, ya digo, pero nada más. Por los precios que rondan ambos...
Un saludo!
P.D: A mí los seagate SATA que tengo me han salido supersilenciosos...