Se llama corrupción de FAT y a mi me ha pasado hace muy poco con la versión del DSOrganize de la página de SuperCard. Me creaba un directorio "DSOrganize" totalmente corrupto que no podía borrar.
Formatee, probé con la versión oficial, y no he vuelto a tener problemas.
Mirate que ningún Homebrew te esté dando la tabarra. Algunos no se llevan precisamente bien con los slot-1...