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Puedes hacerlo desde el mismo PS2OS diréctamente desde el HD PS2 a tu HD.
El PS2OS lleva un server de FTP, así que si lo lanzas y en el PC conectas un cliente (como el FileZilla) podrás pasar los saves fácilmente (en ambos sentidos).
El PS2OS además lleva la opción de comunicación Host/Client.
Para activarla, debes lanzar el PS2OS desde tu PC con Inlink (cargando desde tu PS2 el Pukklink o el PS2Link).
Una vez activo el Host, podrás pasar los archivos de HD a HD.
Este método es mas complicado que en anterior, porque te obliga a editar el elflist.txt si quieres pasar cosas desde tu HD al HD de la PS2.
También tienes la opción de pasar los archivos indiréctamente, usando algún pendrive y volcando los saves ahí (el PS2OS tiene ese soporte).
Luego existen muchas mas aplicaciones con la sque puedes hacer este proceso.
La mejor es el uLaunchELF (ya sea por FTP, Host, pendrive, etc...) pero también puedes usar el KeyLauncher o MyPS2.
Salu2.