Todos los savegames se guardan en las carpetas UDATA y TDATA que están en la raíz de la partición E, puedes copiar esas dos carpeta vía FTP a la / al PC
En otro hilo creo que ya te comente que no se pierden los saves por borrar un juego ni reinstalarlo. Lo que si te puede para por ejemplo es que hay algunos juegos que siendo el mismo, pero dependiendo si es la versión PAL o NTSC los saves no funcionan, son pocos pero los hay
Por ejemplo, el Splinter Cell tiene save de cada región, en cambo un Mechassault son compatibles los de cualquier regíón