Tienes que meter los 3 archivos que te crea el parcheador en la SD (.gba .sav y .sci).
Luego en el juego, cuando quieras guardar, pulsas y mantienes: L, R, Select, B. Y le das a SAVE. Luego cuando quieras cargar la partida, pues los mismos botones, pero esta vez le das a LOAD.
Saludos.