está bien el intento de explicación, pero me temo que tiene errores, para poder parchear la rom y que grabe en el cartucho flash, la rom necesita tener una serie de instrucciones que son las que busca el patcher para modificarlas, si lo hace, puede funcionar o no, el tema de los tamaños de memoria en principio es secudario, y te pongo dos ejemplos que contradicen tu post, nintendogs graba en el cartucho flash la partida, aunque incompleta, mi perro sigue estando ahí, aún sin el cartucho nds metido, y otro ejemplo, el yoshi que comentas no graba ni en el flash ni en el cartucho ds, con el parcheo normal y con el nosave ... por lo tanto, tu intento de sistematizar me temo que no ha sido muy exitoso.
La mejor solución pasaría por postear cada uno la experiencia, como se ha hecho ya en otros foros, se trataría de poner la lista de releases, de la 001 hasta la más reciente, y postear si graba en el flash, en el cartucho nds o si no graba, parece que el flash que se use no influye gran cosa en un resultado u otro, aunque el juego de nds que se ponga si puede influir más por el tema de los distintos tipos de memoria que hay.