Haz un archivo de texto (no hace falta extension) y como dice quelcom dale permiso de ejecución. Luego vete al /etc/init.d/ y edita el boot.local metiendo dentro la ruta al ejecutable. Suponiendo q el script se llame xmodmap y lo tengas en /usr/bin pon la siguiente linea: /usr/bin/xmodmap
Esto hará q al arrancar se ejecute lo q hay dentro del boot.local, es como un autoexec.bat de ms-dos.