Es muy sencillo:
1º Meter, por ejemplo, el monkey island en una carpeta llama "scummdata":
c:\scummdata\monkey\
2º Comprimir ésta carpeta en zip en modo "sin compresión" (si usáis winrar solo es darle a "añadir a archivo">elegir zip>y, en método de compresión darle a "no comprimir")
3º Ejecutar el builddata.bat y te generará un archivo llamado "scummvm.ds.gba", lo renombras a "scummvm.nds" y lo metes en el M3 sin usar el game manager (directo a la tarjeta CF o SD)