Tus datos quedarán como están, lo único que cambiará es el firmware del Flashcart. De todas formas, si no estás seguro, puedes realizar una copia de seguridad de toda tu tarjeta SD en el ordenador por si acaso. Así, si por cualquier cosa se borrara algo, sólo tendrías que volver a copiarlo.
Si te da algún problema basta con que te bajes otra versión del firmware y actualices de nuevo
Saludos!