Si deseas formatear el disco duro, desde el mismo ordenador se puede, despues para formatearlo para que lo reconozca la play 2, con el propio hdloader, cuando empiezas, la primera vez, lo formatea para que lo reconozca la ps2.
Con el programa winhiip, que es muy comun para meter las isos de tus juegos en la ps2, tambien existe la opcion de formatearlo, fat o fat 32,