A mi me ha pasado un par de veces, por ir cambiando de tarjetas con enso instalado, que al reiniciar me dice que hay que actualizar la consola y te bloquea la tarjeta de la vita, con lo que desaparece del menú todo lo que tengas instalado. Quizás te ha pasado algo parecido al instalar el sd2vita.
Lo que he hecho para arreglarlo, en mi caso, ha sido formatear la tarjeta desde la vita y reinstalar henkaku para que me volviera a instalar molecular shell y poder instalar todo de nuevo.
En cualquier caso, nunca me ha instalado ninguna actualización sin avisar, solo me ha pasado esto de que bloquee la tarjeta.
