Sí, es normal que si te falla el lector (por ejemplo un corto en la controladora, debido a wiiclip) te fallen los juegos tambien desde usbloader. Todavía no tengo muy claro en que afecta el lector en el arranque de los juegos desde usb, pero esta demostrado lo usa, aunque sea para algún tipo de chequeo (si buscas hay varios hilos al respecto)
Hasta que has mencionado que desde usb no te rulan, te iba a preguntar si te ocurría con todos o sólo con algunos (por el tema trucha), pero al decir que desde usb tambien te dan problemas, para mi está claro, tienes el wiiclip movido, tal como apuntaba el colega jesuslg123 y una de dos, o te está poniendo en corto la controladora, o alguna de sus patillas no hace contacto (personalmente apuesto por un corto).
Suerte.