Gracias por los enlaces jorchube y por la respuesta elchicosinhada ^^
El Jdownloader lo voy a cambiar por el programa Tucan, que he leido que es bastante bueno y no da esos problemas. Respecto al PS3 Media Server, no podia sustituirlo por otro, por lo que gracias a los hilos de como solucionar el Jdownloader de jorchube he encontrado una respuesta para este.
Al parecer si al iniciar la aplicacion haces que el icono de la bandeja de herramientas se quede oculto, el programa no se cuelga ni hace cosas raras.
Lo probare a fondo al medio dia con alguna serie, pero se ha llevado un buen rato abierto y no ha pasado nada.
Un Salu2 y Gracias!