Nitrato, formatea el disco en la PS2 con el HDLoader o HDAdvance. Supongo que si esta mal la particion cuando lo metas en la PS2 te dira que tiene que formatearlo. Si no es asi, pilla el partition magic o similar y la formateas como NTFS por ejemplo. Luego lo metes en la PS2 y seguro que te lo formatea el HdAdvance o HDloader para que funcione. Si no lo logras de este modo puedes probar a pinchar ese disco en el PC y quitas el IDE y la alimentacion del otro(el de sistema operativo) no vaya a ser que se te vaya la pinza y formates el que no es. Cuando hayas hecho esto, mete el cd de instalacion de un 2000 o Xp y haz como si lo instalaras, borras las particiones y la vuelves a crear. Dejas que formate y cuando vaya a reiniciar por primera vez el PC y cuando aparezca la bios lo apagas. Lo metes en la PS2 y entonces seguro que te lo formatea con formato HDLoader o HDAdvance. Fijo.
Un saludo y suerte
buddy_X