Si te falta un tornillo no estará bien anclado, con lo que no disipará bien además de esas vibraciones que comentas. Mira a ver si en la web del fabricante o en la tienda donde lo compraste te lo pueden conseguir, o el kit del anclaje completo, sino sería conveniente que cambiaras de cooler si no es uno muy caro sobre todo, que lo mismo el kit cuesta casi como el cooler.
Saludos.