Yo la primera vez que instale Ubuntu 10.04 (supongo que con las demas distros pasara lo mismo), resulta que me quitaba unos 30 gb de disco duro, preguntando por foros nadie me dio una respuesta, al final creo que en los foros oficiales de ubuntu lei un post donde comentaban que el sistema reserva cierta cantidad de disco duro, pero esos gb los podias recuperar haciendo que no reservase nada, el comando a escribir en el terminal seria :
sudo tune2fs -r 0 -m 0 /dev/sda3
Donde yo he puesto sda3 tu tienes que poner la particion donde te falten esos gb, con este comando dices al sistema que no quieres que reserve nada y asi recuperas el espacio que te falta.