¿Tienes la bios actualizada? A mí me pasó que no me reconocía el procesador de 4 núcleos, creo que lo posteé por aquí. Fue flashear la bios y listo, todo reconocible. Desde la bios puedes elegir el orden de los disco duros.
¿Has probado de desconectar el cable sata y/o corriente de ese disco duro de 3TB de la placa base, y mirar si arranca en modo normal? (como dices que no está instalado windows en ese disco duro). Aunque si te arranca en modo a prueba de fallos, dudo que sea del disco duro, que puede que me equivoque.
Y sobre esa partición de 800gb, prueba a ver si el desinstalador del programa, tiene la opción de REPARAR. Algunos lo llevan, otros no. A veces también, por lo menos en mi caso, al ejecutar el exe del programa en cuestión, lo ejecuta. Supongo que corregirá el error en el registro. Hay que decir que también me ha salido el típico mensaje de error de " no se encuentra X .lo que sea", y no lo ejecuta. (Todo esto cuando te deje entrar en sesión normal, ya que a prueba de fallos, pocos funcionan).
Como último consejo, hazte con un Live cd de linux, o que te lo presten, para ver si te detecta ese disco duro.