Mi opinión:
Creo que lo único que va a cambiar es el "formato contenedor", es decir en vez de un m4a, será un FLAC, y por tanto, reproducible por el aparato que sea. No veo que tenga mayor importancia.
Veo que algunos le dais mucha importancia a que se trate de un m4a como si eso significase mala calidad o peor calidad que otra cosa. El mundo del audio es muy contradictorio y a veces algo que teóricamente es mejor, demuestra no serlo aparentemente (como los formatos de CD de alta definición, en comparación con los convencionales) y las cosas técnicamente inferiores, cuelan casi como los originales (minidisc, formato m4a, algunos mp3, etc).
Tuve ocasión de utilizar una temporada un DAT profesional de comienzos de los noventa. Hice grabaciones a 16 bits con una frecuencia de muestreo de "sólo" 32khz, y no notaba diferencia si cambiaba a 44khz.
Con esto lo que estoy diciendo, es que no os fijéis tanto en los números teóricos, sino en la calidad concreta del soporte que sea. Me interesa más saber si ese m4a está bien editado. Si lo está, es muy posible que una persona con un oído muy fino no lo distinga del CD, o quizá incluso se trate de una edición diferente, puesto que las discográficas pueden haber sacado una edición para internet y otra para el CD.
Os podría hablar de formatos similares al m4a, como los que usa Sony en su serie de dictáfonos ICD. Estos aparatos graban a 16 bits con comprensión y su correspondiente pérdida de calidad; pero son capaces de hacer grabaciones mucho más nítidas e inteligibles que aparatos más potentes y sofisticados.
En definitiva: lo que importa es la calidad del algoritmo o del programa o del aparato que hace la conversión A/D y la cadena de sonido. Prefiero un m4a de primera generación (es decir editado por la discográfica) que un WAV de un CD editado de forma cutre (y de estos hay muchos, sobre todo editados en los noventa).
Al compañero le recomiendo que no le dé vueltas y que haga sus propias pruebas. En mi opinión y para concluir, el FLAC debería sonar igual que el m4a original.
Salu2