Ay-ay-ay

Los chapter o capitulos estan dentro de archivos de texto, pero el formato [como se debe escribir] o tipo de archivo de texto depende de cada contenedor de video, por eso un archivo de chapter para el contenedor matroska no suele servir para usar en el contenedor mp4 o avi. Luego, los editores de video no suelen colocar o crear los archivos chapter, por ello que en el archvo de video que has creado no este presente.
Solucion, si has recodificado o no, es lo de menos, lo importante es el CONTENEDOR DE VIDEO que uses en el video final. Si es de MKV a MKV o de MP4 a MP4 no hay mayor problema, solo es usar el multiplexor aporpiado.
Para Matroska [MKV], usas MKVToolNix, arrastras el archivo de video MKV que has recodificado, dejas marcados los estreams de audio y video, luego arrastras el archivo MKV original, desmarcas todo dejando solamente el chapter, asi la daerle al boton de STAR MUXING se creara un nuevo archivo MKV que tendra el audio y video que hayas recodificado pero con el archivo de los chapter agregado
MKVToolNix
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Para MP4 hay tantos multiplexores, pero el mas comun en MP4Mux y el procedimiento seria similar.