DZeros, el módulo USB no se puede emular, al menos con un micro de estas características. O lo lleva interno o no puedes hacer nada.
Vale, por lo que pone MiSer veo que si se puede pero con limitaciones y bastante más complicado.
Esto es así porque el protocolo USB es muy complejo y las transferencias son muy rápidas, al micro no le da tiempo a escribir los datos y procesarlos al mismo tiempo si no tiene un módulo de apoyo. Además se necesitaría mucha circuitería extra ya que el puerto USB necesita unos niveles de tensión determinaods y utiliza señalización diferencial.
La librería LUFA facilita mucho el port pero no es obligatorio que la soporte.
La frecuencia de reloj es indiferente, con que sea de 8MHz o más vale. Aunque las tramas de USB vayan a 12mbit el transceiver USB funciona internamente con su propio reloj de 48MHz, generado mediante un PLL al multiplicar la frecuencia de reloj de la CPU.
Sólo hay que indicar al compilar la frecuencia de la CPU para que el PLL se configure correctamente.
Esta es la forma en que funciona el módulo USB de los AVR según el datasheet, para otros micros puede ser un poco distinto pero la lógica es la misma.