En teoría sí, alguien del foro dijo que había encontrado un programilla para pasarlo.
En sí todo sería coger y quitar los X bytes que ocupa el loader al principio de la rom, no es dificil de hacer si sabes programar... pero el verdadero problema está en que hay muchos .nds.gba que han sido compilados así, es decir no se puso el cargador al principio. Así que tienes que asegurarte de que ese .nds.gba antes era un .nds para poder hacer eso que he dicho.
(i think xD)