1 - Instalar mkvtoolnix 2.4
2 - Bajar alguna version del TMPGEnc XPress que soporte formato MKV (4.x estara bien)
El tema es simple. Abres el video con el TMPGEnc, pasalo a formato que quieras, el H264 Main es el recomendado, tilda la opcion de solo procesar el VIDEO y no el audio, y coloca el formato que quieras de salida, por ejemplo 1280x720, y multiples pasadas si tienes ganas de que salga con ultra alta calidad.
Una vez que termina el proceso (puede llevar unas cuantas horas), debes ir al MKVToolNix y en la pantalla principal arrastrar el archivo de video original (el de 1080p) y destildas el VIDEO (para que no lo una al resultado final) y arrastras el video 720p reencodeado por ti, lo tildas y lo colocas en primer lugar (lo subes, aunque no es del todo necesario) y presionas APPEND o UNIR ... y genera el archivo MKV con tu video 720p y el audio de la version 1080p.
esta es una de las maneras de hacerlo bien y todo esto con buscar 5 segundos en el GOOGLE.