Para el caso del WiiKey, WiiFree, Wiinja, yaosm, etc.
La instalación externa es conveniente hasta cierto punto, porque comparten los puntos de soldadura y se ha "estandarizado" el proceso de instalación; entonces cambiar de un chip a otro no conllevaría la necesidad de reabrir la consola cada ves que necesites actualizar (sin DVD) o cambiar entre chips.
No se si los chip de las controladoras D2C tienen ya puntos "estandardizados" de instalación (creo que no porque ni siquiera tienen la misma cantidad de puntos de soldadura) lo que quitaría practicidad al hecho de tener instalaciones externas.
Habiendo hecho la aclaración, tu puedes instalar el chip donde quieras siempre que respetes el esquema de instalación (puntos de soldadura) de cada chip.