No, no se puede. Lo único que puedes hacer con un pendrive es pasar partidas de la memory card al pendrive y viceversa, con el FreeMcboot o algún programa de la scene que te permita hacer lo mismo, pero utilizarlo como una memory card no.
lo k se puede hacer aparte de lo k te ha dicho Ryoga1985 es usar memory cards virtuales con el OPL y con algunos emuladores eso si vas a instalar opl y demas programas de la scene(ya has comprado el swap magic,pk con tu consola no te keda otra) sl2