Pues nada, falsa alarma. Por lo visto, me estaba olvidando de copiar la carpeta Private que hay dentro de la carpeta Nintendo 3ds (bueno, esa o igual alguna otra) pero ya está en marcha. A partir de ahora, tendré dos tarjetas separadas, una para la sysnand y otra para la emunand y cambiaré cada tarjeta en base a lo que quiera hacer.