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El único elf de Swap Magic que te va a valer es el de 3.3
Con ese si que podrás usarlo como boot disk.
Los SM superiores llevan una protección contra ese tipo de ejecuciones, como la que lleva el ejecutable del HDAdvance 3.0
Lo mejor que puedes hacer es crearte un exploit para lanzarlo con algún juego de PSX y poner como boot el uLaunchELF.
Una vez hecho, mete el elf del SM 3.3, el PS2OS, etc... en una partición que tengas con el PFSExplorer (como lo haces ahora, vamos).
Ahora, cuando metas el juego de PSX, te arrancará el uLE y desde el podrás cargar los elf que tengas en la partición (puedes asociar estos elfs a botones del pad para hacer mas rápido el proceso de carga de los mismos).
Una vez cargues el SM 3.3 (que tiene la misma compatibilidad que las versiones superiores) su manejo es sencillo.
Si lo cargas como te he dicho (con exploit), tienes que darle a eject en el menú del SM y meter un juego de PS2 en DVD si quieres cargar un backup en DVD. Si es en CD, no hace falta que refresques toc a menos que el juego de PSX que uses tenga menos quie el backups que vayas a cargar.
Si lo haces como has hecho antes (cargarlo desde el HD), tienes que refrescar toc en función de si el HDLoader que usas está en DVD o en CD (supongo que será lo segundo si es HDLoader original).
Salu2.