Se puede Flash por msdos con ck3 por usb?

USB y MS-DOS? va a ser que no, usa el adapatador de USB a puerto serie. Digamos que conectas al CK3 un cable serie y al otro extremo como el ordenador no tiene usas un adaptador de puerto serie a USB, con eso si podrías. Otra cosa es que el SATA sea compatible, la verdad es que no lo había pensado nunca, pero sería interesante saber sin con mi portátil puedo flashear xD (tiene un sólo SATA también si la grabadora fuera sata lo probaría desde windows xD).

entonces con un adaptador de serie a usb funcionaria? por msdos pillaria el adaptador?

Pues yo estoy en que sí jeje, no lo he probao pero viendo que el usb (Universal Serial Bus) y el puerto serie son serie los 2, valga la redundancia jeje, debería funcionar, sé que en windows hace falta drivers (lo usábamos en el curso de CISCO los adaptadores para conectarnos a los routers porque los portátiles estos no tenían puerto serie tampoco), pero todo es cuestión de probar tío.

Tengo otro pc que tiene puerto serie pero es hembra! osea, a ver si me explico, es el de la vga integrada en placa base, y tengo otra vga, y detras del pc, en el conector pone que vga/com
osea, que en principio se puede usar como serie (cosa que no sabia). Existe entonces un conversor de VGA a serie?

El VGA es sólo entrada de video, no mezcles cosas, la mejor opción es la que te he dicho pero tampoco te garantizo que funcione ni que tu placa sea compatible.