Ya no sabeis que inventar.... en serio, me parece bien que deis ideas, pero por favor no tan descabelladas.
FAT32 usa punteros para ficheros de 32bits, por lo que solo puede direccionar ficheros de 2^32 = 4GB. Y usar punteros de mayor tamaño dará un error en la PS3 y en cualquier aparato que soporte FAT32.
Si la PS3 lee FAT32, lee eso, FAT32. Y si lo modificas, ya no es FAT32, es "otra cosa", y esa "otra cosa" la PS3 no la lee.
Cada cosa es para lo que es. Un lector de DVD nunca leerá blurays, por mucho que "modifiques" el BR.
Y una PS3 nunca leera otra cosa que no sea FAT, sin un CFW, o un parche al firm de la consola.(o tal vez un add-on al firm usando homebrew y PEEK/POKE)
PD: La mejor manera pasa por añadir soporte Ext3 a la PS3 (el más simple, libre y fácil que hay, según mi punto de vista). Pero... quien es el que codea eso?