Es muy jodido de entender..., primero, para dejar programas en segundo plano i para revisar te recomendaria yakuake si usas KDE.
Y segun mas o menos entiendo es que quieres que te salte un sonido o notificación en según que condiciones del programa. No conozco el programa pero mira su ayuda para ver si asi puedes aunque sea redireccionar su salida o ponerle algo al terminar su ejecucion.
Si es un programa que esta siempre funcionando hasta que lo cierres, ya podría ser un poco mas complejo.
Si usas KDE tal vez haya un plasmoide o semejante de el. o una GUI simple que permita mas opciones y puedas investigar.
Y desde luego, pon algun titulo mas decriptivo como "Como configurar notificaciones para gestor de descargas axel?"