Cierto, las particiones son físicas, es decir, del sector del disco tal al cual es una particion, etc. Si se hace bien, se cogen las cosas en orden, si los datos estan desfragmentados, se quedará todo repartido, y aunque no debería fallar, no "queda bien". Yo siempre que he creado particiones nuevas he desfragmentado para asegurarme que no hay problemas.