Yo lo hice como viene en Xbox-scene y funcino a la primera.
Creas en tu pc una serie de carpetas con lo que quieras meter una de ellas con el evox, y en el directorio raiz metes los archivos y directorios del boXplorer, es importante que el default.xbe y las carpetas esten en el directorio raiz, para que al meter el disco nos arranque el programa.
Una vez nos salga la ventana del programa solo nos queda ir copiando los archivos a nuestras particiones como se explica en los tutoriales del Evolution.
Suerte.