Hay una versión del visualboyadvance de PC hecha especialmente para el modo cable link. No puedes coger el normal y abrir 2 ventanas tal cual.
Se puede hacer, porque yo lo hice hace unos 2 o 3 años. Con el Pokemon Rojo Fuego con 2 partidas diferentes las pase de PSP al PC para tener los 3 iniciales (bulbasur, squirtle y charmander) ya que no me iban los cheats para la versión española del juego.
Las partidas recuerdo que no eran del mismo formato, pero simplemente con renombrar la extensión del archivo ya iba. (.sav o el que fuera, no me acuerdo)