Claro que puedes, porque no ibas a poder?
Otra cosa es que encuentres una igual a la tuya, que si es una caja genérica lo veo un poco difícil.
Lo que puedes hacer es hacértela tú como has dicho, es sencillo relativamente. El agujero en el metacrilato lo haces con una corona de 8 o 12cm dependiendo que ventilador vayas a poner.
Para cortar la con una caladora y sierra de hierro. La forma la que más te guste, y para el borde hay un plástico que no se como se llama ahora para evitar cortes y que quede más bonito y todo esto.
Saludos