Tu lo has dicho, en el disco duro interno, o con el cd.
Si aún sabiendo los problemas que puede traer quieres ponerlo en la memoria interna, lo que tienes que hacer es arrancar el xexloader (o el xexmenu) desde el cd y con ese programa copiar la version live del xexmenu a la carpeta /content/0000000000000000/
Para usar algo desde el pen usb, tienes que tener el xexmenu en el disco duro o en el cd...
Así que no se puede usar el propio xexmenu desde ahi.
Todo eso esta explicado en el hilo del xexmenu.
Podiais buscar un poquillo...