¿Se puede pasar C y E del HD original a un nuevo HD por FTP?

Pues eso, acabo de meterle xploit y demas a mi HD nuevo, pero su configuración, preferencias, partidas, etc son muy distintos de como lo tenia en el HD original. Llegue a copiar C, E y F del HD original al PC, pero no sé si debo pasarlos al HD nuevo por FTP, temo a que salga algun error chungo de esos. ¿Que me decis, puedo pasarlos con tranquilidad al HD nuevo?
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