Veamos, la solución más sencilla sería, mediante el DMS Format Tool (ya sea cargado desde un pendrive o desde la memory card), crear una partición del tamaño que te apetezca, y luego con el Navegador del KeyLauncher copiar a esa partición el elf del PGen (la versión 1.2 seguro que lo acepta, las anteriores, no lo sé) y las ROMs (a mi me resulta más cómodo usar como unidad de origen mi pendrive, la verdad). Luego enlazas el PGen en tu disco duro al botón que te apetezca del Keylauncher, lo arrancas y a funcionar.
Lo de poner el PGen en el disco duro y no en la memory, es más que nada por ahorrar espacio.