Buenas,
Alguna vez se me ha dado el caso similar al tuyo y si no tiene red el escaner, lo que hago es configurar un perfil en el sw de brother, lo configuro automático, por ejemplo PDF a X ppp y que escanee en la carpeta local X.
Esa carpeta la comparto en red y se la agrego al resto de equipos, cuando alguien quiera escanear , va a la multifunción y a través de alguno de los botones de la multifunción escanea a la carpeta compartida y recoge el escaneo en la carpeta compartida ya en su puesto de trabajo.
Es una ñapa, pero si no tienes una multifunción en red, poco más puede hacer.
En algunos sw de gestión de multifunciones, puedes asignar los botones físicos de la máquina a un perfil de escaneo, además, a veces hay una opción que te deja marcar y es algo así como "escaneo en segundo plato", por lo que al usuario que tiene la máquina conectado al equipo por usb no se la salta el aviso.
Si no tiene esa opción pues se va a estar quejando porque se le va a maximizar el sw cada vez que alguien escanee y acabará dando la lata el usuario en cuestión.